Клуб основан в 1993 году.
Отделение гребли на лодках «Дракон» работает с 2012 года.
За годы существования Клуб «Малая Флотилия» воспитал более 100 мастеров спорта, мастеров международного класса, олимпийских чемпионов.
С целью внедрения программ на более высоком уровне, Клуб объединил усилия общественных организаций. К коллективных членов Детского оздоровительно-спортивного клуба "Малая флотилия" вошли Клуб ветеранов по гребле на байдаках и каноэ «Киев», Клуб ветеранов по академической гребле, «Федерация рыболовного спорта инвалидов« Рыси ».
С 2012 г. начало свою деятельность отделения по гребле на лодках «Дракон», которое возглавил его Богуславский Валентин Витальевич. Благодаря его профессионализму и тренерскому таланту за последние 8 лет команда «Малой флотилии» неоднократно становилась чемпионом и призером Чемпионатов Украины, Европы и Мира.
Сейчас тренером клуба является МОРГУН Вероника Петровна.
Сейчас клуб насчитывает более 100 спортсменов в различных отделениях и различных возрастных категориях.
Отличием является то, что в клуб принимаются все кто хочет - несмотря на возраст, физические способности, материальное состояние.