Клуб заснований у 1993 році.
Відділення веслування на човнах «Дракон» працює з 2012 року.
За роки існування Клуб «Мала Флотилія» виховав більше 100 майстрів спорту, майстрів міжнародного класу, олімпійських чемпіонів.
З метою впровадження програм на більш високому рівні, Клуб об’єднав зусилля громадських організацій. До колективних членів Дитячого оздоровчо-спортивного клубу "Мала флотилія" увійшли: Клуб ветеранів з веслування на байдаках і каное «Київ», Клуб ветеранів з академічного веслування, «Федерація риболовного спорту інвалідів «РИСІ».
З 2012 р розпочало свою діяльність відділення з веслування на човнах «Дракон», яке очолив його Богуславський Валентин Віталійович. Завдяки його професіоналізму й тренерському таланту за останні 8 років команда «Малої флотилії» не одноразово ставала чемпіоном та призером Чемпіонатів України, Европи та Світу.
Наразі тренером клубу є МОРГУН Вероніка Петрівна.
Зараз клуб налічує більше 100 спортсменів в різних відділеннях та різних вікових категоріях.
Відмінністю є те, що в клуб приймаються всі хто має бажання - без огляду на вік, фізичні здібності, матеріальний стан.